- s -

• save() : CrosspointsFile , Status
• scheduleBlocks() : AbstractBlockAligner
• seek() : BufferedCellsReader , InitialCellsReader , ReversedCellsReader , DummyCellsReader , SeekableCellsReader , SplitCellsReader , FileCellsReader , TeeCellsReader , SpecialRow , FileStream
• send() : CmdNotifyScore , CmdPeerList , CmdPeerRequest , CmdStatusRequest , CmdStatusResponse , CmdTestRing , Command , CmdCreateRing , CmdJoin
• send_array() : Peer
• send_int16() : Peer
• send_int32() : Peer
• send_int8() : Peer
• send_vls8() : Peer
• sendCommand() : Peer
• sendSignal() : AlignerPool
• Sequence() : Sequence
• SequenceData() : SequenceData
• SequenceInfo() : SequenceInfo
• setAdjustment() : Grid
• setAffineGapPenalties() : AlignmentParams
• setAlignment() : Job
• setAlignmentMethod() : AlignmentParams
• setAutoSave() : CrosspointsFile
• setBestNodeScore() : AlignerPool
• setBestScore() : MasaNetStatus
• setBestScoreList() : AlignerManager
• setBlockHeight() : Grid
• setBlockPruning() : AlignerManager
• setBlocksFile() : AlignerManager
• setBlockWidth() : Grid
• setBorderReader() : SpecialRowsPartition
• setBoundaries() : Sequence
• setBufferLimit() : Job
• setCallback() : Peer
• setCellsReader() : FirstRow
• setClearN() : SequenceModifiers
• setComplement() : SequenceModifiers
• setCurrentStage() : Status
• setData() : SequenceInfo
• setDescription() : SequenceInfo
• setEnd() : Alignment
• setFilename() : SequenceInfo
• setFirstColumn() : AbstractDiagonalAligner
• setFirstColumnReader() : SpecialRowsPartition
• setFirstColumnSource() : AlignerManager
• setFirstRow() : AbstractDiagonalAligner
• setFirstRowReader() : SpecialRowsPartition
• setFirstRowSource() : AlignerManager
• setForkCount() : AbstractAligner , AbstractAlignerParameters
• setForkId() : IAlignerParameters , AbstractAlignerParameters
• setGapExtensions() : Alignment
• setGapOpen() : Alignment
• setGlobalAlignment() : AbstractBlockPruning
• setGoalScore() : AlignerManager
• setGrid() : AbstractBlockPruning
• setHash() : SequenceInfo
• setI0() : Partition
• setI1() : Partition
• setId() : SpecialRow
• setIndex() : SequenceInfo
• setInfo() : Sequence
• setJ0() : Partition
• setJ1() : Partition
• setLastColumnDestination() : AlignerManager
• setLastColumnReader() : AlignerManager
• setLastColumnWriter() : SpecialRowsPartition
• setLastError() : AbstractAlignerParameters
• setLastProcessedRow() : MasaNetStatus
• setLastRowDestination() : AlignerManager
• setLastRowReader() : AlignerManager
• setLastRowWriter() : SpecialRowsPartition
• setLastSpecialRow() : Status
• setLocalAddress() : Peer
• setLocalAlignment() : AbstractBlockPruning
• setLocalType() : Peer
• setLogFile() : Buffer2 , Buffer , BufferedStream
• setManager() : AbstractAligner , IAligner
• setMatches() : Alignment
• setMatchMismatchScores() : AlignmentParams
• setMinBlockSize() : Grid
• setMismatches() : Alignment
• setOriginatorId() : CmdTestRing
• setPenalties() : AlignerManager
• setPenaltySystem() : AlignmentParams
• setPersistentPartitions() : SpecialRowsArea
• setPoolWaitId() : Job
• setPreferredSizes() : AbstractBlockAligner
• setProcessingState() : MasaNetStatus
• setPruningFile() : Alignment
• setRamProportion() : SpecialRowsPartition
• setRawScore() : Alignment
• setRecurrenceType() : AlignerManager , AbstractBlockPruning
• setReverse() : SequenceModifiers
• setScore() : BlocksFile
• setScoreParams() : AbstractBlockPruning
• setScoreSystem() : AlignmentParams
• setSequences() : AbstractBlockProcessor , CPUBlockProcessor , AlignerManager , AbstractBlockAligner , IAligner
• setSerial() : Command
• setServerState() : MasaNetStatus
• setSharedPath() : Job
• setSize() : SequenceInfo
• setSpecialRowInterval() : AlignerManager
• setSpecialRowsPartition() : AlignerManager
• setSpecialRowsPath() : Job
• setStart() : Alignment
• setSuperPartition() : AbstractBlockPruning , AlignerManager
• setTrimEnd() : SequenceModifiers
• setTrimStart() : SequenceModifiers
• setType() : SequenceInfo , CmdPeerRequest
• setWorkPath() : Job
• sizeAvailable() : Buffer2 , Buffer
• sizeUsed() : Buffer2 , Buffer
• SocketBuffer() : SocketBuffer
• SocketCellsReader() : SocketCellsReader
• SocketCellsWriter() : SocketCellsWriter
• solveSimultaneousConnection() : MasaNet
• sortById() : SpecialRow
• sortf() : coordinate_t
• SpecialRow() : SpecialRow
• SpecialRowFile() : SpecialRowFile
• SpecialRowRAM() : SpecialRowRAM
• SpecialRowReader() : SpecialRowReader
• SpecialRowsArea() : SpecialRowsArea
• SpecialRowsPartition() : SpecialRowsPartition
• SpecialRowWriter() : SpecialRowWriter
• splitBlocksEvenly() : AlignerUtils
• SplitCellsReader() : SplitCellsReader
• splitGridHorizontally() : Grid
• splitGridVertically() : Grid
• start() : RecurrentTimer
• startServer() : MasaNet
• staticFlushThread() : Buffer
• staticFunctionThread() : RecurrentTimer , AbstractAlignerSafe
• staticListeningThread() : MasaNet
• staticLoadThread() : Buffer
• staticLogThread() : Buffer2 , Buffer
• staticPeerHandler() : MasaNet
• staticThreadFunction() : BufferedStream
• Status() : Status
• stop() : RecurrentTimer
• stopAligner() : AlignerManager
• strip_whitespaces() : MasaNetCLI
• swapSequences() : AlignmentParams