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• IAligner() : IAligner
• IAlignerParameters() : IAlignerParameters
• ignoreBlock() : AbstractBlockAligner
• IllegalArgumentException() : IllegalArgumentException
• IManager() : IManager
• increaseBlockStat() : AbstractBlockAligner
• init() : SocketCellsWriter , Timer , SocketCellsReader
• initAutoFlush() : Buffer , FileBuffer , NullBuffer , SocketBuffer
• initAutoLoad() : NullBuffer , SocketBuffer , Buffer , FileBuffer
• initBuffer() : BufferedStream
• InitialCellsReader() : InitialCellsReader
• initialize() : AbstractBlockPruning , BlockPruningDiagonal , BlockPruningGenericN2 , MasaNetCLI , AlignerPool , BlocksFile , InitialCellsReader , Job , Properties , FirstRow , SpecialRow , SpecialRowFile , SpecialRowRAM , AbstractBlockAligner , IAligner
• initializeBlockPruning() : AbstractAligner
• initializeDiagonals() : AbstractDiagonalAligner
• initializeWorkPath() : Job
• intervalElapsed() : Timer
• IOException() : IOException
• isAllowed() : BestScoreList
• isBlockPrunable() : AbstractBlockPruning
• isBlockPruned() : AbstractBlockAligner , BlockPruningGenericN2
• isBlockPruningEnabled() : Configs
• isBufferDestroyed() : BufferedStream
• isClearN() : SequenceModifiers
• isCompatible() : SequenceModifiers
• isComplement() : SequenceModifiers
• isConnected() : Peer
• isDerived() : BestScoreList
• isDestroyed() : Buffer , Buffer2
• isEmpty() : Status
• isEqual() : SequenceInfo
• isFinalized() : Alignment
• isFirstNode() : AlignerPool
• isFoundCrosspoint() : AlignerManager
• isInitialized() : BlocksFile
• isInitiator() : Peer
• isLastNode() : AlignerPool
• isPersistent() : SpecialRowsPartition
• isReverse() : SequenceModifiers
• isReversed() : Sequence
• isSpecialColumn() : AbstractBlockAligner
• isSpecialRow() : AbstractBlockAligner , AbstractDiagonalAligner