- a -

• AbstractAligner() : AbstractAligner
• AbstractAlignerParameters() : AbstractAlignerParameters
• AbstractAlignerSafe() : AbstractAlignerSafe
• AbstractBlockAligner() : AbstractBlockAligner
• AbstractBlockProcessor() : AbstractBlockProcessor
• AbstractBlockPruning() : AbstractBlockPruning
• AbstractDiagonalAligner() : AbstractDiagonalAligner
• add() : BestScoreList , PeerList
• addGap() : Alignment
• addGapInSeq0() : Alignment
• addGapInSeq1() : Alignment
• addHook() : Peer
• addId() : CmdTestRing
• addPeer() : CmdPeerList
• addPeers() : CmdPeerList
• addSequence() : AlignmentParams , Job
• alignBlock() : AbstractBlockAligner
• aligner_capabilities_t() : aligner_capabilities_t
• AlignerManager() : AlignerManager
• AlignerPool() : AlignerPool
• AlignerTester() : AlignerTester
• Alignment() : Alignment
• AlignmentParams() : AlignmentParams
• alignPartition() : AbstractBlockAligner , IAligner , AlignerManager , AbstractDiagonalAligner
• allocateStructures() : AbstractBlockAligner
• announce() : MasaNet
• autoFlush() : Buffer
• autoFlushThread() : Buffer , FileBuffer , SocketBuffer , NullBuffer
• autoLoad() : Buffer
• autoLoadThread() : FileBuffer , NullBuffer , Buffer , SocketBuffer