- a -

• accession : SequenceInfo
• active : AlignerManager , RecurrentTimer
• adjustment : Grid
• aligner : AlignerManager , Job , AlignerTester
• alignerPool : Job
• alignment : Job
• alignment_end : Job
• alignment_params : Job
• alignment_start : Job
• alignmentFinalized : Alignment
• alignmentMethod : AlignmentParams
• arg : IllegalArgumentException
• arguments : AbstractAlignerParameters
• autoSave : CrosspointsFile