- p -

• parse_bool() : ConfigParser
• parse_int() : ConfigParser
• parse_int_enum() : ConfigParser
• parse_int_max() : ConfigParser
• parse_int_min() : ConfigParser
• parse_int_range() : ConfigParser
• parse_longlong_size() : ConfigParser
• parse_path() : ConfigParser
• parseLine() : ConfigParser
• parseValue() : ConfigParser
• Partition() : Partition
• peekSignal() : AlignerPool
• Peer() : Peer
• PeerList() : PeerList
• prepareIterations() : AbstractDiagonalAligner
• printFile() : ConfigParser , Configs
• printFinalStatistics() : AbstractBlockAligner , AbstractDiagonalAligner , IAligner
• printFormattedUsage() : AbstractAlignerParameters
• printInitialStatistics() : AbstractBlockAligner , AbstractDiagonalAligner , IAligner
• printParams() : AlignmentParams
• printStageStatistics() : IAligner , AbstractBlockAligner , AbstractDiagonalAligner
• printStatistics() : Timer , AbstractBlockAligner , AbstractDiagonalAligner , IAligner
• printTopology() : MasaNetCLI
• printUsage() : IAlignerParameters , BlockAlignerParameters
• processArgument() : BlockAlignerParameters , IAlignerParameters
• processBlock() : AbstractBlockAligner , AbstractBlockProcessor , CPUBlockProcessor
• processDiagonal() : AbstractDiagonalAligner
• processNextIteration() : AbstractDiagonalAligner
• Properties() : Properties
• pruneBlocks() : AbstractDiagonalAligner
• pruningUpdate() : AbstractBlockAligner , BlockPruningGenericN2