Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- g -

• gap_ext : score_params_t
• gap_open : score_params_t
• gap_sequences : Alignment
• gap_t() : gap_t
• gapExt : InitialCellsReader
• gapExtension : AlignmentParams , AlignerManager
• gapExtensions : Alignment , total_score_t
• gapOpen : AlignerManager , Alignment , AlignmentParams , InitialCellsReader , total_score_t
• gaps : Alignment
• get() : PeerList
• get_property() : Properties
• get_property_int() : Properties
• getAbsolutePos() : Sequence
• getAccession() : SequenceInfo
• getAlignerPool() : Job
• getAlignment() : Job
• getAlignmentBinaryFile() : Job
• getAlignmentMethod() : AlignmentParams
• getAlignmentParams() : Alignment , Job
• getAlignmentTextFile() : Job
• getAllPeers() : PeerList
• getArg() : IllegalArgumentException
• getBestNodeScore() : AlignerPool
• getBestScore() : BestScoreList , MasaNetStatus
• getBestScoreLastColumn() : AlignerManager
• getBestScoreLastRow() : AlignerManager
• getBlockAdjustment() : Grid
• getBlockHeight() : AbstractDiagonalAligner , Grid , BlockAlignerParameters
• getBlockingReadTime() : Buffer
• getBlockingWriteTime() : Buffer
• getBlockPosition() : Grid
• getBlockPositionH() : Grid
• getBlockPositionV() : Grid
• getBlockScores() : AbstractDiagonalAligner
• getBlockSplitHorizontal() : Grid
• getBlockSplitVertical() : Grid
• getBlockWidth() : Grid , BlockAlignerParameters
• getBufferLimit() : Job
• getBytesRead() : Buffer
• getBytesWritten() : Buffer
• getCapabilities() : AbstractBlockAligner , IAligner
• getCapacity() : Buffer , Buffer2
• getCol() : SpecialRowReader
• getConnectedPeers() : MasaNet
• getConnectionType() : Peer
• getCrosspointFile() : Job
• getCurrentPosition() : SpecialRowReader
• getCurrentStage() : Status
• getData() : SequenceInfo , Sequence
• getDescription() : SequenceData , SequenceInfo
• getDirectory() : SpecialRowsArea
• getDiscoveredPeers() : MasaNet
• getElapsedTime() : RecurrentTimer , Timer , Peer
• getEnd() : Alignment
• getErr() : IllegalArgumentException
• getFilename() : SequenceInfo , SpecialRowReader
• getFileName() : SpecialRowWriter
• getFirstColumnFilename() : SpecialRowsPartition
• getFirstColumnInitType() : AlignerManager , AbstractAligner , IManager
• getFirstColumnReader() : SpecialRowsPartition
• getFirstColumnTail() : AbstractAligner
• getFirstColumnWriter() : SpecialRowsPartition
• getFirstRowFilename() : SpecialRowsPartition
• getFirstRowInitType() : AlignerManager , AbstractAligner , IManager
• getFirstRowReader() : SpecialRowsPartition
• getFirstRowTail() : AbstractAligner
• getFlushInterval() : Job
• getForkId() : IAlignerParameters , AbstractAlignerParameters
• getForkWeights() : AbstractAligner , IAligner
• getForwardData() : Sequence , SequenceData
• getFullFilename() : SpecialRowFile
• getGapExtension() : AlignmentParams
• getGapExtensions() : Alignment
• getGapOpen() : Alignment , AlignmentParams
• getGaps() : Alignment
• getGapSequences() : Alignment
• getGlobalTime() : Timer , Peer
• getGrid() : AbstractAligner , IAligner , AbstractBlockPruning
• getGridHeight() : Grid , BlockAlignerParameters
• getGridWidth() : AbstractDiagonalAligner , Grid , BlockAlignerParameters
• getHash() : SequenceInfo
• getHeight() : Grid , Partition
• getI0() : SpecialRowsPartition , Partition
• getI1() : SpecialRowsPartition , Partition
• getId() : CmdPeerResponse , CmdStatusRequest , CmdStatusResponse , CmdTestRing , CmdUndiscover , Command , SpecialRow , CmdCreateRing , CmdDiscover , CmdJoin , CmdNotifyScore , CmdPeerList , CmdPeerRequest
• getIds() : CmdTestRing
• getIndex() : SequenceInfo
• getInfo() : Sequence
• getJ0() : SpecialRowsPartition , Partition
• getJ1() : SpecialRowsPartition , Partition
• getLargestInterval() : SpecialRowReader , SpecialRowsPartition
• getLargestPartitionSize() : CrosspointsFile
• getLastColumn() : AbstractDiagonalAligner
• getLastColumnWriter() : SpecialRowsPartition
• getLastError() : IAlignerParameters , AbstractAlignerParameters
• getLastProcessedRow() : MasaNetStatus
• getLastRow() : SpecialRowWriter , SpecialRowsPartition , AbstractDiagonalAligner
• getLastRowFilename() : SpecialRowsPartition
• getLastRowId() : SpecialRowsPartition
• getLastRowWriter() : SpecialRowsPartition
• getLastSpecialRow() : Status
• getLeftPeer() : MasaNet
• getLen() : Sequence
• getLoadURL() : AlignerPool
• getLocalAddress() : Peer
• getLocalId() : Peer
• getLocalType() : Peer
• getMatch() : AlignmentParams
• getMatches() : Alignment
• getMaxIterations() : Configs
• getMaxPartitionSize() : Configs
• getMismatch() : AlignmentParams
• getMismatches() : Alignment
• getModifiers() : Sequence
• getMsgFile() : AlignerPool
• getNext() : PeerList
• getNextCrosspoint() : AlignerManager
• getNextSerial() : Peer
• getNonPrunableWindow() : BlockPruningDiagonal
• getOffset() : DummyCellsReader , BufferedCellsReader , FileCellsReader , FileStream , InitialCellsReader , ReversedCellsReader , SeekableCellsReader , SplitCellsReader , TeeCellsReader , SpecialRow
• getOriginalSize() : SequenceData
• getOriginatorId() : CmdTestRing
• getParameters() : AbstractBlockAligner , IAligner
• getPartition() : AbstractDiagonalAligner
• getPartitionPath() : SpecialRowsArea
• getPartitionsCount() : SpecialRowsArea
• getPath() : SpecialRowsPartition
• getPeer() : MasaNet
• getPeers() : CmdPeerList
• getPeerStatus() : MasaNet
• getPenaltySystem() : AlignmentParams
• getPoolWaitId() : Job
• getPrev() : PeerList
• getProcessedCells() : AbstractBlockAligner , IAligner , AbstractDiagonalAligner
• getProcessingPeers() : PeerList
• getProcessingState() : MasaNetStatus
• getProgressString() : AbstractBlockAligner , AbstractDiagonalAligner , IAligner
• getPruningFile() : Alignment
• getPruningInitialScore() : Configs
• getRawScore() : Alignment
• getReadingRow() : SpecialRowsPartition
• getRecurrenceType() : AbstractBlockPruning , AlignerManager , IManager , AbstractAligner
• getRemoteAddress() : Peer
• getRemoteId() : Peer
• getRemotePeers() : MasaNet
• getRemoteType() : Peer
• getReverseData() : Sequence , SequenceData
• getRightPeer() : MasaNet
• getRow() : SpecialRowReader
• getRowsCount() : SpecialRowsPartition , SpecialRowsArea
• getScoreParameters() : AbstractBlockAligner , IAligner
• getScoreSystem() : AlignmentParams
• getSequence() : AlignmentParams , Job
• getSequenceCount() : Job
• getSequences() : AlignmentParams
• getSequencesCount() : AlignmentParams
• getSerial() : Command
• getServerState() : MasaNetStatus
• getSignalFile() : AlignerPool
• getSize() : SequenceData , SequenceInfo
• getSocket() : Peer
• getSortedPartitions() : SpecialRowsArea
• getSpecialColumnInterval() : IManager , AbstractAligner , AlignerManager
• getSpecialRow() : AbstractDiagonalAligner , SpecialRowsPartition
• getSpecialRowInterval() : IManager , AbstractAligner , AlignerManager
• getSpecialRowsArea() : Job
• getSpecialRowsPath() : Job
• getSRACompression() : Configs
• getSRADiskSize() : Configs
• getSRALimit() : Job
• getSRARamSize() : Configs
• getSRAStrategy() : Configs
• getStart() : Alignment
• getStartOffset() : InitialCellsReader
• getStatistics() : Buffer2 , Buffer
• getStatus() : CmdStatusResponse
• getSuperPartition() : AlignerManager , IManager , AbstractAligner
• getTrimEnd() : SequenceModifiers , Sequence
• getTrimStart() : SequenceModifiers , Sequence
• getType() : ReversedCellsReader , FileCellsReader , Buffer , DummyCellsReader , SocketCellsReader , SplitCellsReader , URLCellsReader , FileStream , TeeCellsReader , CellsReader , InitialCellsReader , SpecialRow , CmdPeerRequest , BufferedCellsReader , SequenceInfo
• getUsage() : Buffer
• getWidth() : Grid , Partition
• getWorkPath() : Job
• goalScore : AlignerManager
• goalScoreLocation : AlignerManager
• grid : AbstractAligner , AbstractBlockPruning
• Grid() : Grid
• grid_scores : AbstractBlockAligner
• gridHeight : AbstractDiagonalAligner , BlockAlignerParameters , BlockPruningGenericN2
• gridWidth : BlockPruningGenericN2 , AbstractDiagonalAligner , BlockAlignerParameters