Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- p -

• params : Alignment , AbstractBlockAligner
• params_score : dispatch_job_t::dispatch_params_t
• parse_bool() : ConfigParser
• parse_int() : ConfigParser
• parse_int_enum() : ConfigParser
• parse_int_max() : ConfigParser
• parse_int_min() : ConfigParser
• parse_int_range() : ConfigParser
• parse_longlong_size() : ConfigParser
• parse_path() : ConfigParser
• parseLine() : ConfigParser
• parser : config_option_t , Configs
• parseValue() : ConfigParser
• partition : AlignerManager , AbstractDiagonalAligner , Grid
• Partition() : Partition
• partition0 : split_args_t
• partition1 : split_args_t
• partitions : SpecialRowsArea
• path : SpecialRowFile , SpecialRowsPartition
• peekSignal() : AlignerPool
• Peer() : Peer
• peer_connect : Job
• peer_listen_port : Job
• PeerList() : PeerList
• peerMap : PeerList
• peers : CmdPeerList , MasaNet
• penaltySystem : AlignmentParams
• persistent : SpecialRowsPartition
• persistentPartitions : SpecialRowsArea
• pointer : config_option_t
• pool_shared_path : Job
• pool_wait_id : Job
• port : SocketBuffer , SocketCellsReader , SocketCellsWriter
• pos : gap_t
• pos0 : SplitCellsReader
• position : DummyCellsReader , InitialCellsReader , ReversedCellsReader
• posRead : FileStream
• predicted_traceback : Job
• preferredBlockSize : AbstractBlockAligner
• preferredGridSize : AbstractBlockAligner
• prepareIterations() : AbstractDiagonalAligner
• prev_stats : BufferLogger
• previousEvent : Timer
• printFile() : Configs , ConfigParser
• printFinalStatistics() : AbstractBlockAligner , AbstractDiagonalAligner , IAligner
• printFormattedUsage() : AbstractAlignerParameters
• printInitialStatistics() : AbstractBlockAligner , AbstractDiagonalAligner , IAligner
• printParams() : AlignmentParams
• printStageStatistics() : AbstractBlockAligner , IAligner , AbstractDiagonalAligner
• printStatistics() : AbstractBlockAligner , Timer , AbstractDiagonalAligner , IAligner
• printTopology() : MasaNetCLI
• printUsage() : IAlignerParameters , BlockAlignerParameters
• process_partition : aligner_capabilities_t
• processArgument() : IAlignerParameters , BlockAlignerParameters
• processBlock() : CPUBlockProcessor , AbstractBlockProcessor , AbstractBlockAligner
• processDiagonal() : AbstractDiagonalAligner
• processingState : MasaNetStatus
• processNextIteration() : AbstractDiagonalAligner
• Properties() : Properties
• propertyMap : Properties
• pruneBlocks() : AbstractDiagonalAligner
• pruner : AbstractDiagonalAligner
• pruningFile : Alignment
• pruningUpdate() : BlockPruningGenericN2 , AbstractBlockAligner