Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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• AbstractAligner() : AbstractAligner
• AbstractAlignerParameters() : AbstractAlignerParameters
• AbstractAlignerSafe() : AbstractAlignerSafe
• AbstractBlockAligner() : AbstractBlockAligner
• AbstractBlockProcessor() : AbstractBlockProcessor
• AbstractBlockPruning() : AbstractBlockPruning
• AbstractDiagonalAligner() : AbstractDiagonalAligner
• accession : SequenceInfo
• active : AlignerManager , RecurrentTimer
• add() : BestScoreList , PeerList
• addGap() : Alignment
• addGapInSeq0() : Alignment
• addGapInSeq1() : Alignment
• addHook() : Peer
• addId() : CmdTestRing
• addPeer() : CmdPeerList
• addPeers() : CmdPeerList
• addSequence() : AlignmentParams , Job
• adjustment : Grid
• alignBlock() : AbstractBlockAligner
• aligner : AlignerManager , Job , AlignerTester
• aligner_capabilities_t() : aligner_capabilities_t
• AlignerManager() : AlignerManager
• alignerPool : Job
• AlignerPool() : AlignerPool
• AlignerTester() : AlignerTester
• alignment : Job
• Alignment() : Alignment
• alignment_end : Job
• alignment_params : Job
• alignment_start : Job
• alignmentFinalized : Alignment
• alignmentMethod : AlignmentParams
• AlignmentParams() : AlignmentParams
• alignPartition() : AbstractDiagonalAligner , AlignerManager , AbstractBlockAligner , IAligner
• allocateStructures() : AbstractBlockAligner
• announce() : MasaNet
• arg : IllegalArgumentException
• arguments : AbstractAlignerParameters
• autoFlush() : Buffer
• autoFlushThread() : NullBuffer , FileBuffer , Buffer , SocketBuffer
• autoLoad() : Buffer
• autoLoadThread() : NullBuffer , FileBuffer , Buffer , SocketBuffer
• autoSave : CrosspointsFile