- s -

• score : crosspoint_t , dispatch_job_t::dispatch_params_t::params_score_t , score_t , CmdNotifyScore , match_result_t , total_score_t
• score_params : BestScoreList , SpecialRowReader , SpecialRowsArea , SpecialRowsPartition , AbstractBlockAligner , AbstractBlockPruning , AlignerManager
• scoreSystem : AlignmentParams
• section : ConfigParser , config_option_t
• seq0 : CPUBlockProcessor
• seq0_len : BestScoreList
• seq0_offset : AlignerManager
• seq1 : CPUBlockProcessor
• seq1_len : BestScoreList
• seq1_offset : AlignerManager
• sequences : AlignmentParams , Job , MasaNetJob
• sequences_path : Configs
• serial : Command , Peer
• serverActive : MasaNet
• serverPort : MasaNet
• serverSocket : MasaNet
• serverState : MasaNetStatus
• sharedPath : AlignerPool
• size : SequenceData , SequenceInfo , NullBuffer , DummyCellsReader
• smith_waterman : aligner_capabilities_t
• socket : Peer
• socketfd : SocketBuffer , SocketCellsReader , SocketCellsWriter
• special_rows_path : Job
• specialRowCoordinates : SpecialRowReader
• specialRowInterval : AlignerManager
• specialRows : SpecialRowWriter
• specialRowsAreas : Job
• specialRowsPartition : AlignerManager
• split : MasaNetJob
• sra_compression : Configs
• sra_path : Configs
• sra_strategy : Configs
• stage1_pruning_initial_score : Configs
• stage4_execution_type : Configs
• stage4_maximum_partition_size : Job
• stage4_orthogonal_execution : Job
• stage6_output_format : Job
• start : SpecialRowReader , Alignment
• startEvent : Timer
• startOffset : InitialCellsReader
• startType : AlignerManager
• staticEvent : Peer , Timer
• statistics_filename : Job
• statMaxBlockHeight : AbstractBlockAligner
• statMaxBlockWidth : AbstractBlockAligner
• statMaxGridHeight : AbstractBlockAligner
• statMaxGridWidth : AbstractDiagonalAligner , AbstractBlockAligner
• statMinBlockHeight : AbstractBlockAligner
• statMinBlockWidth : AbstractBlockAligner
• statMinGridHeight : AbstractBlockAligner
• statMinGridWidth : AbstractDiagonalAligner , AbstractBlockAligner
• statPrunedBlocks : AbstractBlockAligner
• statPrunedBlocksLeft : AbstractDiagonalAligner
• statPrunedBlocksRight : AbstractDiagonalAligner
• stats : Buffer2 , Timer
• statTotalBlocks : AbstractDiagonalAligner , AbstractBlockAligner
• statTotalCells : AbstractDiagonalAligner
• status : CmdStatusResponse , MasaNet
• status_file : Status
• status_filename : Job
• status_tmp : Status
• sum : Timer::stat_t
• superPartition : AlignerManager