- p -

• params : Alignment , AbstractBlockAligner
• params_score : dispatch_job_t::dispatch_params_t
• parser : config_option_t , Configs
• partition : Grid , AlignerManager , AbstractDiagonalAligner
• partition0 : split_args_t
• partition1 : split_args_t
• partitions : SpecialRowsArea
• path : SpecialRowFile , SpecialRowsPartition
• peer_connect : Job
• peer_listen_port : Job
• peerMap : PeerList
• peers : CmdPeerList , MasaNet
• penaltySystem : AlignmentParams
• persistent : SpecialRowsPartition
• persistentPartitions : SpecialRowsArea
• pointer : config_option_t
• pool_shared_path : Job
• pool_wait_id : Job
• port : SocketCellsWriter , SocketBuffer , SocketCellsReader
• pos : gap_t
• pos0 : SplitCellsReader
• position : ReversedCellsReader , InitialCellsReader , DummyCellsReader
• posRead : FileStream
• predicted_traceback : Job
• preferredBlockSize : AbstractBlockAligner
• preferredGridSize : AbstractBlockAligner
• prev_stats : BufferLogger
• previousEvent : Timer
• process_partition : aligner_capabilities_t
• processingState : MasaNetStatus
• propertyMap : Properties
• pruner : AbstractDiagonalAligner
• pruningFile : Alignment